Protein Crystallographerへの道


ちなみにこれまでの経緯

１）タンパク質の結晶構造解析に恐れ多くも足を踏み入れる事に。。
２）そのためには構造解析ソフトを使いこなす必要あり。
３）その多くは、Linux対応。
４）また、有料のソフトを買う程金はない。。
５）したがって恐れ多くも、Linuxマシンを購入することに。。
６）もっと金を出して、業者に全て環境を整えてもらおうとも考えていたが（パソコン本体の値段と、Linux環境設定の人件費、取り付け費用も含め２０万円程度→これは劇安！！）。
７）柳谷氏というLinuxマニアが近くにいると言う図々しい安心感と、つい最近彼らのところでも安いパソコン購入アンドLinux設定をしていたので、御褒美で手打ち。
８）と言うわけで、４万円程度のLibrage Valueとメモリ５１２MB増設マシンで構造解析ソフトを自由自在に使える環境を目指して勉強開始した。
９）現在にいたる。。柳谷氏に感謝感謝。しかし、まだまだ。。長いなあ、道のりは。
10）6年半のブランクを経て、2011年1月25日に復活。とりあえず、Windows版でどこまでいけるか。やってみる。つっちーはやっていたのだから、できるはず。
11)3日坊主ではなかったが、忙しくなって中断。だめでんな。5月27日に久々に更新しに来た。
 
2012年6月27日

久々に復活。Routineで続けていくことに。。
夜も遅くなると結構厳しいよねー。

KEKで最初に撮ったもののHKL2000経由のscaファイルを使って、構造解析をしたい。

パソコン上の在処等を再確認すべし。
scaファイル→documents/120125KEK/120125-001/hkl/output.sca
ORTHOUDIW01→Dr. Yoshihisa Suzuki/ORTHOUDIW01
にしてやってみよう

output.mtzを作ることに成功。
また明日。
2011年2月3日

本日は節分。豆まきに帰らないと。。。
1b) Introduction to the MTZ format
29番で、FAILED importとなった。

CCP4-Packages
の中の奥深いところにtoxd.hkl発見。ここからコピーしてみる。

20から29までやってRun Run NowでFINISHEDとなった！！
Dr. Yoshihisa Suzuki/TESTにmtzファイルが作成されていた！！やりました！

できたｍｔｚファイルを見る作業に入る。いまいちよくわからんなあ。。と思っているうちに時間が来ちゃった。

また明日。
2011年2月2日

Click on Add Directory Alias and in this new line add the the directory alias DATA and the path name:
Alias: DATA for directory: $CEXAM/tutorial/data

のつづきからスタート。RESULTS Aliasを設定したのちApply&Exit
1a) Setting up Project and Directory Aliases
を無事終了。
さて、次。
1b) Introduction to the MTZ format
29番までやったが、予想していた通り、toxd.hklはdata folderに入れていないので、FINISHEDにならず、FAILED importとなった。さて、toxd.hklはどうだったか。。。。

CCP4-Packages
の中の奥深いところに発見。ここからコピーしてやる必要があるのか。。。。

また明日。
亀の歩みなれど、着実に進むぜ！！

2011年2月1日

ついに2月。どんどん行きましょう。
In your home directory, make a subdirectory TEST:
> mkdir TEST
と書いてある。home directory自体がどこを指しているかわからんので、DesktopにTESTというフォルダ作成。しかし、ネットで調べると自分のディレクトリ（Dr. Yoshihisa Suzukiフォルダ）のことであるので、そこにTESTフォルダを移動。

Click on Add Directory Alias and in this new line add the the directory alias DATA and the path name:
Alias: DATA for directory: $CEXAM/tutorial/data

とあったので、自分のディレクトリのうえのUsersの中に、CEXAM/tutorial/dataを作成。
Apply&Exitで終了。
大丈夫かな？
あれれ、元あったPROJECTという名のprojectが消えちゃった。まあいっか。
また立ち上げてもTESTという名のprojectしか出てこない。まあいいんだろうね。
また明日。
2011年1月31日

とりあえず、My documentsにAnalysesというフォルダを作製。1108.refをコピーした。
CCP4i起動！なんだか、Windows firewallが何チャラと出た。とりあえず許可することにした。

しかしながら、やっぱりわけわからん。まず、1108.refが何のファイルなのか。実験ノートには統計データで、元ファイルだと書いてある。これと、Glucose isomeraseの何かのPDBファイルを使って分子置換法で構造精密化できるはずということだったが。。。

CCP4 Tutorialを読み始める。
また明日。。。
どうしても行き詰まったら、つっちーにきくか。。。

2011年1月28日

  • HKL2000(Scalepack)や、d*trek(R-axis; Rigaku MSCのCrystalClearなど)のファイルなら、Data Reduction→Import Scaled Dataで。一番上のタブから変換元のフォーマットを選ぶ。
    • 通常はUse anomalous dataはoff、Free R flagは0.05 (5%)。
    • dataset nameを入れるのを忘れないこと
    • 予想されるアシメの残基数を入れる。
    • 消滅則のある軸のデータが取れてなくて、らせん軸などが分かっていない場合は、空間群はとりあえずLaue Classの一番上を入れておく。
  • 後でCNSを使って精密化する場合は、Reflection Data Unitilites→Convert from MTZでCNSフォーマットに反射のmtzファイルを変換しておく。使うカラムは通常はFP, Sigma, FreeRだけで十分。

    • と書いてある。櫻庭先生のところでメモったのとよく似ている。

    1. CCP4i
    2. project suzuki
    3. Program List
       Scalepack2mtz→CCP4iで使える形式に変換
    4. d*trek select
    5. Use anomalous dataのチェック外す
    6. In で1108.43r select  Run > run now > continue
    7. Molrep→ MTZ in→　1108.mtz, Model in PDB.file→水とかほかのヘテロ外すatomのみ指定

    CCP4 Crystallographic programs suite v6.1.13をSingle user installerでダウンロードしたので、次はCoot 0.6.1(23/03/10)。これも結構時間かかる。んで、CCP4 Molecular Graphics v2.4.3(05/11/10)もダウンロードアンドインストール実行

    また来週！！
    2011年1月27日

    櫻庭先生のところで過去にとった振動写真のデータセットをCCP4iで読ませることをまず実行すべく。本日朝に高圧力下X-rayフォルダをDellからHDD、HDDからVAIOに移し、帰宅前のこの時間にいじることにした。こいつの中に1108.refというファイルがあり、これが重要という話だったように記憶している。櫻庭先生のところは、なんというソフトでここまでやってたっけな。。。と過去のノートを見てみると。。。。CrystalClearか？東大の伏信先生のありがたいページ
     http://enzyme13.bt.a.u-tokyo.ac.jp/molrep.html#3hansha
    をみると、
  • ccp4iでIからFに変換しちゃいましょう。
  • mtz形式のファイル(ex. KEK-PFのDPS/mosflm/scala)なら、Data Reduction→Convert Intensities to SFsで。
  • HKL2000(Scalepack)や、d*trek(R-axis; Rigaku MSCのCrystalClearなど)のファイルなら、Data Reduction→Import Scaled Dataで。一番上のタブから変換元のフォーマットを選ぶ。
    • 通常はUse anomalous dataはoff、Free R flagは0.05 (5%)。
    • dataset nameを入れるのを忘れないこと
    • 予想されるアシメの残基数を入れる。
    • 消滅則のある軸のデータが取れてなくて、らせん軸などが分かっていない場合は、空間群はとりあえずLaue Classの一番上を入れておく。
  • 後でCNSを使って精密化する場合は、Reflection Data Unitilites→Convert from MTZでCNSフォーマットに反射のmtzファイルを変換しておく。使うカラムは通常はFP, Sigma, FreeRだけで十分。

    • 取りあえずCCP4のホームページhttp://www.ccp4.ac.uk/index.phpを登録した。ダウンロードしちゃおう。
    CCP4 Crystallographic programs suite v6.1.13をSingle user installerでダウンロード。結構時間かかる。
    つづきはまたあした。。。。

    2011年1月25日

    なんと、長い年月が過ぎたことか。。この前の日記で投稿した論文は、無事J. Phys. Chem. Bに通りまして、その論文では「次回作では高圧力下における結晶構造を明らかにする」などと書いていたものでした。
    結晶構造解析関連では、元生物工学科、現香川大学農学部の櫻庭春彦教授に大変お世話になっている。京都産業大学の津下英彦先生にも何度か実験にお付き合いいただいた。このお二人には、科研費の申請で分担研究者になっていただいたりもした。そして、卒業生の塚本君（現在東大新領域のドクター）に負うところが大きく、彼のおかげで、構造解析関係の装置の話で論文をRev. Sci. Instrum. 81に出すことができた。
    とはいえ、鈴木自身はまったくもって構造解析のずぶの素人。
    ともかくも、まずは回折データから、構造を求めるところまで、えいやとやってみることにした。
    毎日帰宅前の30分をこの時間に充てようと思う。
    まずは、櫻庭先生のところで過去にとった、振動写真のデータセットをどうやって、CCP4iで読ませるかだな。。
    データのコピーをしよう。と思ったら、HDDに入ってなかった。
    Dellの中か。。また明日。
    2004年8月10日

    がはは、やっとの事で、ずっと執筆活動に没頭していたタンパク質結晶成長関係論文を投稿し終えたぞ！！爽快感。

    しかし、まあ、今日のやつは70%の確率でrejectされるだろうなあ。駄目もと。ダメなときゃあ、潔く別のところに投稿し直す。
    取りあえずは、宝くじを買った気分。楽しみ楽しみ。でも、いままでrejectって経験無いんだよなあ。これも、指導教官に恵まれたおかげか。。適切なところに投稿していたって事でしょう。

    さあ、来週の仙台出張のために、メッシュに絡み付いたglucose isomeraseの結晶を作成しなければいかん。AFMのタッピングモードの復習もしなければ。。休む間も有りません。取りあえず、色々洗ってから帰ろう。

    Linux忘れてしまいそう。取りあえず、コンピュータをオンにしてみた。

    2004年7月29日

    ここのところ、論文かきに追われて、Linuxをはじめ、一切実験に関する事から離れていたので、大分感覚は鈍ってしまっただろうなあ。

    でも、ともかくも今書いている論文を投稿するまでは、手がつけられないでしょう。半月程前に投稿した論文のreviseもそのうちしなくてはならないだろうし。。

    しかし、「これから論文を書く若者のために」は、なかなか良い。自分が論文を書く際にも非常に参考になる。というか、これをきちんと読んでからじゃないと、きちんとした論文はかけないのではなかろうか。。
    論文指導はこれを使ってやっていこう。今後。


    2004年7月16日

    Gooのファイル管理システムがどうもマックに馴染まないようなので、いるかBBSで日記を始める。おもにLinuxについて書き留めておく事を目的に。。といるかBBSに書いたが、不安定なシステムを使用するよりは、大学のサイトを使った方が良いでしょう。ということで、学科web page内に設置する事に。学問的にプラスになる人も覆いかも知れないし（無責任）良いですよね。。。。

    アルファデータのacm-317というモニタを使っているが、デフォルトだと800X600にしかならなかった。Linux上で別の会社の1280X1024 60Hzだぞとして、設定変更したらちゃんと高解像度モードになりました。アルファデータの人が1280X1024になりますよと言ってくれたおかげである。感謝感謝。

    今日はviでファイルを作る方法を覚えた。シェルスクリプトもぼちぼち。